Jurnal ilmiah Iqra' pertama kali diterbitkan pada tahun 2007 dengan nama Jurnal Pendidikan Islam Iqra'. Ketika itu di bawah naungan jurusan Tarbiyah Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Manado. Guna Percepatan akreditasi, Nama Jurnal Pendidikan Islam Iqra' ditransformasi menjadi Jurnal Ilmiah Iqra' pada tahun 2018. Selain itu, Jurnal Ilmiah Iqra' telah mengalami perubahan pada template sejak tahun 2018 sebagai upaya percepatan akreditasi.
Jurnal ilmiah Iqra dapat diakses secara online dan versi cetaknya diterbitkan oleh Fakultas Tarbiyah dan Ilmu Keguruan (FTIK) IAIN Manado.